Olá Davidson,
Há algumas maneiras de fazer isso:
1 - Caso os contatos tenham sido duplicados por estarem vinculados a mais de uma conta, basta desabilitar a sincronização da conta da qual não deseja os contatos. Por exemplo: vá em Ajustes > Mail, Contatos, Calendários. Na seção Contas, verifique as contas de e-mail associadas, toque numa delas e desmarque a opção Contatos. Ou, ainda em Mail, Contatos, Calendários, desça até a seção Contatos e altere a conta padrão para verificar a duplicidade é corrigida.
2 - Acesse icloud.com, inicie uma sessão com seu ID Apple e clique no app Contatos. Se estiver usando um PC, mantenha pressionada a tecla Ctrl, se estiver num Mac, pressione a tecla Command, e vá clicando nos contatos duplicados que deseja remover. Em seguida, clique no menu pop-up , no lado inferior esquerdo, e selecione Apagar.
3 - Uma alternativa aos métodos oficiais são aplicativos de terceiros que vc encontra na App Store e oferecem este serviço. Faça uma busca por "remover duplicados" e algumas opções de apps serão apresentadas.
Espero ter ajudado!
Até logo!