Olá Cris_PF,
Fica tranquila, é o comportamento padrão do sistema. As fotos que vc não encontrou, certamente estão vinculadas à sua conta do iCloud e serão sincronizadas com seu dispositivo de acordo com a velocidade da sua conexão com a internet. Não se esqueça de ativar a opção Fototeca do iCloud em Ajustes. Vc pode verificar suas fotos em https://www.icloud.com/, iniciando uma sessão com seu ID Apple.
Os aplicativos ficam associados ao seu ID Apple, então vc só precisa baixá-los novamente através da App Store e o conteúdo de cada um será disponibilizado conforme o que foi armazenado no backup. Para lembrar os apps que vc utilizava, vá em App Store > Atualizações > Comprados. Todos os apps baixados através do seu ID Apple estarão lá.
Qlq dúvida, estou por aqui.
Até logo!