Tania89, isso pode realmente aconteceu, por isso deixo aqui a sugestão desse link:
Gerenciar o armazenamento do iCloud - Suporte da Apple
Verifique se são as fotos que estão ocupando espaço significativo no seu iCloud e se a Fototeca do iCloud está ativa, pois se esta função estiver desativada, as fotos que você está apagando no iPhone, não estão sincronizadas com o iCloud, por isso o armazenamento não sofrer nenhuma alteração. Verifique ainda se você não está sincronizando suas fotos com o iTunes (computador), pois assim, também, a sincronização com o iCloud não ocorrerá.
Dentre as opções de solução, está transferir parte do conteúdo do iPhone para o computador e depois apagar os arquivos do iCloud/iPhone, ou pelo menos deixar somente o que for essencial. Outra opção seria aumentar o armazenamento do iCloud, assim esse problema deixaria de existir.
Boa sorte, t+!