Boa tarde Camilartp, tudo bem?
Pode ficar tranquila. Os backups do iCloud e do iTunes são salvos em locais totalmente diferentes. O Backup do iCloud fica num servidor privado da Apple para a segurança dos nossos dados. O Backup do iTunes fica salvo no computador, ou seja, só você pode mexer ou apagar.
Apagar um não influencia no outro.
Espero ter ajudado, e rola um D20!
AppleGorgon