Se eu desativar a fototeca vou perder minhas fotos da galeria?

Depende de como o iPhone está no momento.

Primeiramente, entre em Ajustes > Fotos e Câmera, na parte da Fototeca do iCloud, deixe marcado a opção "Transferir e Manter Originais", isso vai deixar todas as fotos salvas tanto no iPhone, quanto no iCloud, ai se desativar a Fototeca, fica tudo salvo no iPhone normalmente.

Se estiver em Otimizar no iPhone, se desativar a Fototeca, o iPhone vai tentar baixar as fotos de volta, se não tiver espaço, ele da um aviso falando que vai faltar algumas fotos. Neste caso o iPhone fica sem as fotos, mas elas continuam salvas no iCloud, ai se ativar de novo as fotos voltam.