O backup do iCloud apenas salva o estado atual do momento em que foi sincronizado. Se deletar itens, estes não estarão incluídos nos próximos backups.
Se ativou a sincronização da fototeca do iCloud o efeito é imediato. Deletou do aparelho, deleta do iCloud.
Antes de apagar fotos e vídeos recomendo que salve em um computador ou em algum outro serviço de disco virtual.
Links úteis:
Como fazer backup do iPhone, iPad e iPod touch - Suporte da Apple
Gerenciar o armazenamento do iCloud - Suporte da Apple