Isso e comum que aconteça quando a pessoa que assina o Apple Music e transfere todas as músicas e deve de vez em quando fica trocando de ID Apple para entrar com outra conta do iCloud o que ocasiona isso.
No seu caso isso ainda e considerado comum por isso é sempre recomendado fazer backup no iPhone por que pode acontecer da Apple deixar para trás algumas coisa. Simples de resolver, sempre deixe sincronização e Transferencia para ouvir offline ativado não se esquece que isso exige memoria do iCloud e do iPhone.