Olá Csejthe, pelo que entendo o iTunes não faz o backup do apps, como diz nesse artigo: Sobre os backups de dispositivos iOS - Suporte da Apple
Você teria que baixa-lo de volta, porém como ele não aparece na App Store complicaria. (Fazer novamente o download de músicas, filmes, programas de TV, apps e livros da iTunes Store, iBooks Store e App Store …)
Eu sugiro que você verifique se esse App aparece no seu histórico de compras, e caso ele esteja lá, eu ligaria no Suporte do iTunes (0800-761-0880) e perguntaria se ele continuaria na sessão de "Compras" do seu ID (depois da Restauração), mesmo que não esteja mais na App Store.
Espero ter ajudado