Oi juuvieira,
Creio que o que aconteceu com você podem ser duas coisas:
Primeira, você pode ter apagado as fotos do iPhone e elas ficaram por mais 30 dias na pasta Apagados do iCloud. (Obter ajuda para fotos ausentes - Suporte da Apple)
Segunda, você ativou a Otimização de Armazenamento da sua Fototeca do iCloud, como explica no trecho a seguir:
Economizar espaço no dispositivo
A Fototeca do iCloud mantém todas as fotos e vídeos na versão original e em alta resolução. Você pode economizar espaço no dispositivo ativando a otimização de armazenamento.
No iPhone, iPad ou iPod touch:
- Toque em Ajustes > [seu nome] > iCloud. Se estiver usando o iOS 10.2 ou anterior, toque em Ajustes > iCloud.
- Toque em Fotos.
- Selecione "Otimizar no [dispositivo]".
No Mac:
- Abra o app Fotos e clique em Fotos na barra de menus.
- Clique em Preferências.
- Acesse a aba iCloud e selecione um ajuste de armazenamento.
Se você ativar a otimização de armazenamento, a Fototeca do iCloudgerenciará automaticamente o tamanho da biblioteca no dispositivo. As fotos e vídeos originais serão armazenados no iCloud, já as fotos e os vídeos que economizam espaço serão mantidos no dispositivo. A biblioteca será otimizada somente quando for necessário mais espaço, começando pelas fotos e vídeos que você menos acessa. Se precisar das fotos e dos vídeos originais, faça o download deles usando o Wi-Fi ou a rede celular. Você pode usar a otimização de armazenamento no iPhone, iPad, iPod touch e Mac.
Se você ativar a opção Transferir Originais, a Fototeca do iCloud manterá as fotos e os vídeos originais e em resolução máxima no iCloud e no dispositivo.
Fonte: Fototeca do iCloud - Suporte da Apple
Boa sorte