Oi Viviane, pelo que entendi você quer apagar um aplicativo da lista dos aplicativos já baixados na App Store e nñao apagar um o aplicativo em si, correto?
Apagar definitivamente não dá, mas o que dá pra fazer é ocultar esse app da App Store, como explica nesse link: Ocultar e exibir apps no iPhone, iPad, iPod touch ou Mac - Suporte da Apple
Boa sorte