Ich hatte das selbe Problem und habe folgende Lösung:
Da die Backup Dateien mit dem System Integrationsschutzes versehen sind, müssen diese zwangmäßig gelöscht werden. Früher gab es hierfür die Funktion "Papierkorb sicher entleeren". Seit Mac OS Sierra ist diese aber entfallen.
Zu allererst, ich übernehme kein Garantie für die Richtigkeit und Fehlerfreiheit die durch Anwendung des Nutzers geschieht. Es ist zwingend darauf zu achten, dass der angegebene Pfad korrekt ist, andernfalls kann unter Umständen das Betriebssystem irreparablen Schaden nehmen, da dadurch egal welche Datei unwiderruflich gelöscht wird!
Öffne den Terminal (CMD + Leertaste, dann Terminal suchen), dann öffnest du den Papierkorb und ziehst die zu löschende Datei oder Ordner in das Fenster des Terminals. Jetzt wird dir auch schon der Pfad angezeigt. Vergewissere dich dass der Name des Volumes enthalten ist sowie .Trashes darin auftaucht. Von einer manuellen Eingabe des Pfades rate ich aufgrund von Fehlervermeidung ab.
Jetzt drückst du ctrl + A um an den Anfang zu gelangen. Dort schreibst du jetzt folgendes davor: sudo rm -rf (wichtig auch das Leerzeichen nach -rf!). Wenn du jetzt mit Enter bestätigst, beginnt der Löschvorgang. In der Regel wirst du noch nach deinem Administratorpasswort gefragt, welches du im Terminal eingeben musst. Nicht wundern, bei der Eingabe ändert sich nichts bzw. zeigt dir nichts an dass du etwas eingegeben hast. Nach der Eingabe einfach wieder mit Enter bestätigen.
Je nach Datei/Ordnergröße kann der Löschvorgang eine ganze Weile dauern. Lass deinen Mac einfach stehen und gib ihm die nötige Zeit. Sobald der Löschvorgang abgeschlossen ist, siehst du im Terminal eine neue Zeile mit deinem Benutzernamen. Ebenfalls ist die Datei aus dem Papierkorb entfernt.