Der Äpfel-Support geht davon aus, daß du bei Hotmail deinen Spam-Ordner eingerichtet hast und diesen auch bei Hotmail - über deinen dortigen Account - verwalten mußt.
Du wirst den versehentlich gelöschten Spam-Ordner für deinen Hotmail-Account nur über eben diesen Account wieder einrichten können.
Nur du selbst kannst wissen, welche Einstellungen du bei Einrichtung deines Hotmail-Accounts vorgenommen hast.
Wenn deine Einstellung bei Hotmail war, Spam nach einem Tag automatisch zu löschen, sind diese eMails natürlich weg.
Mich wundert, daß du soviele - wichtige - eMails in deinem Spam-Ordner erwartest. Normalerweise bekommt man erstmal alles an eMail und sortiert den Müll aus. So entstehen persönliche Spam-Filter.
Wie ich vermutet habe, handelt es sich um kein Problem der Apfel Mail App.
Persönlicher Hinweis:
Schenk‘ dir selbst zu Weihnachten einen web.de Club-Account.
Du richtest alles selbst ein, verwaltest alle deine eMail-Adressen, eMails, web.de Cloud, usw. mit einer eigenen App.
Vollkommen unabhängig von iOS oder Android.
Am Rechner mittels Browser über das web.de Portal.
Die Verwaltung des Accounts ist kinderleicht.