Seit der neusten iTunes Version werden die Apps ja direkt wieder auf das iPhone geladen, wenn es wiederhergestellt wird. Ist es denn über eine schnelle Wlan-Verbindung mit dem Internet verbunden?
Je nach Größe und Anzahl der Apps kann dies schon einmal länger dauern, und die Reihenfolge der Aktualisierung ist nicht unbedingt Seite für Seite auf dem Gerät.
Wenn aber alle Apps grau sind und keine Ladeaktivität mehr zeigen, würde ich das iPhone neu starten und noch einmal den Ladevorgang beobachten.