die Mediathek ist auf der internen Festplatte im Bilder Ordner.
Das ist ja auch der beste Platz.
Ich habe diese Beobachtung aber nicht nur auf einem Mac gemacht, sondern auf beiden Mac's die ich besitze. Somit schließe ich einen Fehler in der Mediathek eher aus und würde einen Bug in der Fotos App vermuten.
Ja, eine Mediathek, die gerade von iCloud heruntergeladen wurde, sollte keine Probleme haben.
Es sei denn, du hast gleich auf zwei Macs dasselbe systemweite Problem, z.B. ein Dateisystemformat, das Gross-Kleinschreibung unterscheidet. Fotos auf High Sierra hat damit Schwierigkeiten.
Oder wenn bestimmte Programme von Drittanbietern die Mediathek zerstören (https://support.apple.com/de-de/HT204968), oder eine Bug, wie du vermutest,
Ein ähnliches Problem gab's eine zeitlang auch in iPhoto, gelöschte Fotos sind nicht aus dem Master Ordner gelöscht worden und sind dann irgendwann (Jahre später) wieder in iPhoto sichtbar geworden.
Das Problem trat in Aperture ebenso auf, und genau für diese Situation waren die Reparatur Programme da. Die haben die verweisen Bilddateien eingesammelt, die nicht mehr zugreifbar waren und in einem Projekt/Album/Ereignis "recovered items" gesammelt und die Zugriffsrechte repariert.
Mediathek reparieren ist - so viel ich weiß - bei einer Systemmediathek die mit iCloud synchronisiert wird keine gute Idee. Danach startet die Synchronisierung mit iCloud von vorne wieder. Steht in irgendeinem Apple Support Artikel.
Reparieren sollte bei einer iCloud Mediathek immer das letzte Ressort dein, wenn nichts anderes mehr hilft. Aber wenn die Reparatur nicht gelegentlich nötig wäre, hätte Apple das Werkzeug nicht extra eingebaut.
Soetwas wie "Rechte reparieren" gibt's - glaube ich - auch nicht mehr. Sollte von alleine passieren, oder?
Leider klappt das nicht immer automatisch. Sonst würde Apple Support nicht extra ein Dokument dafür bereithalten: https://support.apple.com/de-de/HT203538