Das Aktivieren des Flugmodus deaktiviert nicht zwangsläufig auch WLAN & Bluetooth. So kann im Flugmodus auch weiterhin eine Verbindung zwischen iPhone & Watch bestehen bleiben.
Ich vermute dennoch, dass wir hier von zwei verschiedenen Sachen sprechen. Mit der von mir genannten Option, werden die Meldungen auf der Watch deaktiviert, wenn am iPhone ein normaler Wecker klingelt. So kann der Wecker des iPhone per Watch ausgeschaltet werden.
Beim nochmaligen lesen deiner Frage, geht es aber bei dir vermutlich um den Wecker der konfigurierten Schlafenszeit... wacht man vor dieser auf, bemerkt das die Watch und fragt ob der Wecker deaktiviert werden soll. Diese Meldung bzw. Frage lässt sich leider nicht deaktivieren, du könntest sie ignorieren oder mit eine Klick auf die Krone abbrechen, der Wecker bleibt dann aktiv.