Hallo Lechos,
danke für die Tipps, aber leider funktionieren die von dir beschriebenen Schritte nicht. Ich habe wie in anderen Foren empfohlen den Index neu aufbauen lassen (unter ~/Library/Mail/V10/MailData die Dateien Envelope*.* entfernt und Mail neu gestartet) mit dem Effekt, dass das intelligente Postfach "letzte" jetzt leer ist!
zu 1. - "Aktualisieren" gibt es nicht:

zu 2. - "Mailbox wieder aufbauen" gibt es nicht:

zu 3. - Mail und den Rechner habe ich bereits mehrfach gestartet
zu 4. - macOS ist aktuell
zur Eingrenzung des Problems:
wenn ich ein neues intelligentes Postfach anlege, welches lediglich die Bedingung "empfangen heute" enthält, ist dieses leer - und heute habe ich definitiv Mails empfangen. Schicke ich mir eine Testmail zu, steht sie unter meinem Postfach, wird aber nicht in den intelligenten Postfächern angezeigt!
Noch ein Hinweis: die Zahlen, die hinter den "Markierungen" (bunte Flaggen) stehen, stimmen nicht überein, mit der angezeigten Anzahl markierter Mails! Beispiel: unter "Alle" (Favoriten - alle Postfächer) werden nach Flagge sortiert 5 Mails mit roter Flagge aufgelistet. Die Anzeige links unter "Markiert - rote Flagge" zeigt (8) im Kringel, auf die rote Flagge geklickt zeigt die Liste 2 Mails - allerdings welche ohne Markierung und sie sind nicht in den 5 "richtigen" Mails enthalten!
Der Markierungsmechanismus ist meiner Meinung nach völliger Schrott! Ich denke aber, das das Anzeigeproblem die gleiche Ursache hat, wie das bei den intelligenten Ordnern.