Das können wir nicht beurteilen da wir Dein Haus nicht kennen, daher am besten mal ausprobieren.
Die beste Lösung wäre es wohl das Glasfaserkabel bis in die Mitte der Stockwerke hochzuziehen und dann die FRITZ!Box 5530 als Modem und Router einrichten und benutzen.
So wie ich verstanden habe sind die beiden Fritzboxen mit einem LAN Kabel verbunden, richtig?
In diesem Fall was für ein Kabel ist es und wie schnell sind die LAN-Anschlüsse and den beiden Fritz!Boxen?
Ist WLAN bei der 5530 im Keller ausgeschaltet und sie gegebenenfalls als Modem (und nicht Router) konfiguriert?
Bei Deiner Konfiguration würde ich mal auf ein Problem mit den beiden Fritz!Boxen schliessen, vor allem ein Konfigurationsproblem.
Ich habe für alle meine LAN Geräte eine feste IP Adresse in einem bestimmten Bereich vergeben, für WLAN vergibt die IP Adressen dann über DHCP des Swisscom Modem und Routers die IP Adressen.
Da ich keine Fritzbox habe kann ich dir damit nicht helfen, grundsätzlich ist es aber immer das selbe.
1° Glasfaser --> Modem --> LAN --> Land und WLan Router der per DHCP die lokalen IP Adressen vergibt
2° Glasfaser --> Modem mit Router der per DHCP die lokalen IP Adressen vergibt
Chris