Hallo GStr,
zunächst einmal: POP3 funktioniert so, dass die E-Mails vom Server auf das jeweilige Gerät heruntergeladen werden und im Anschluss, also nach dem Herunterladen, vom Server gelöscht werden. In den meisten Mailclients lässt sich dieses Verhalten über eine entsprechenden Schalter beeinflussen, so dass E-Mails nach dem Herunterladen nicht vom Server gelöscht werden.
Die Option hat also nichts damit zu tun, ob E-Mails, die Du auf Deinem Gerät löschst, auch vom Server gelöscht werden oder nicht.
Nun zu Deiner Frage, wenn E-Mails, die Du auf Deinem iPad löschst auch vom Server gelöscht werden, liegt die Vermutung nahe, dass Du Deinen Mail-Account auf dem iPad unter Verwendung von IMAP angelegt hast. In diesem Fall werden die E-Mails nämlich nicht auf das iPad heruntergeladen, sondern mit diesem synchronisiert. Der Speicherort bleibt dabei aber der Server.
Um das gleiche Verhalten wie auf Deinem iPhone zu erhalten, musst Du den Account löschen und als POP3 Account anlegen. Dann findest Du auch die Option in den Einstellungen. Bitte stelle vor dem Löschen unbedingt sicher, dass es sich tatsächlich um einen IMAP-Account handelt, andernfalls riskierst Du den Verlust von E-Mails.
Übrigens musst Du, wenn Du auf beiden Geräten POP3 verwendest, damit leben, dass E-Mails doppelt heruntergeladen werden. D.h. eine E-Mail, die Du auf dem iPad bereits gelesen hast, wird auf Deinem iPhone trotzdem als neue E-Mail heruntergeladen.