Das freut mich, dass du die Daten mit DiskDrill wiederherstellen konntest. Ein Glück! Mit Disk Drill habe ich auch sehr gute Erfahrungen gemacht.
Ich bin aber erschrocken, dass nach deinem Frühlingsputz mit Cleaner Pro diese Ordner selbst im Time Machine backup nicht wiedergefunden werden konnten. Daß manche Cleaning-Programme selbst vor wichtigen Systemdateien keinen Respekt haben und das System destabilisieren können, habe ich schon beobachtet, aber dass auch das Time Machine backup geputzt wird, ist mir neu. Womöglich waren die backups schon vorher unvollständig.
Um künftig ähnliche Probleme zu vermeiden: Für die Zukunft empfehle ich, die backups zu überprüfen, ob sie vollständig sind, und notfalls zu wiederholen, wenn du dir unsicher bist, ob ein backup vollständig ist. Und werfe die Backup Laufwerke aus, bevor du anfängt, auf dem Mac aufzuräumen, und veraltete Dokumente und Daten zu löschen. Beim Aufräumen lösche von Hand und vermeide Cleaning-Programme, da teile ich die Meinung meiner Vorredner.
Auf deinem Mac läuft macOS Sequoia, richtig? Dann ist auf dem internen Laufwerk das Dateisystemformat APFS installiert. Und damit sind viele Duplikate in der Regel unproblematisch, weil das System beim Kopieren von Dateien auf demselben Laufwerk einfach einen Klon erzeugt. Ein Klon benötigt keinen zusätzlichen Speicher, er teilt den Datenblock mit dem Original und benötigt nur einen zusätzlichen Eintrag in der Filetabelle.