Disculpadme, también tengo este problema y no había visto esta pregunta por lo que abrí otro hilo sobre esta misma cuestión:
Actualización watchOS 3.0 - Actividad: horas de pie
Si entrais podréis ver que he hecho todo tipo de reinicios (reset) tanto del reloj como del iPhone, desenlazándolos y volviendo a enlazarlos, pero al final sigo igual: No contabiliza las horas de pie ni me da las alertas correspondientes con la paradoja de que si registra las calorías y el ejercicio correctamente.
El próximo martes tengo una cita concertada en el Genius Bar de un Apple Store cercano.
Por lo que en breve os diré como sigue esta historia.
Saludos y suerte para todos.