En OSX siempre se ha posido formatear en FAT y con MBR. Desconozco si es Fat16 o 32 pero eso no es importante para tu problema (la diferencia principal es que FAT32 permite ficheros de 4GB.
Aunque quizás tu problema venga por los ficheros de control que OSX guarda en las unidades externas formateadas en FAT. Puedes descargar alguna utilidad que te haga esa limpieza al desmontar el USB.
CleanMyDrive es una de las utilidades que hace esta limpieza que comento: https://itunes.apple.com/es/app/cleanmydrive-2/id523620159?mt=12