Buen día jeremíasf,
Ciertamente ha resultado ser un bug muy molesto, aunque francamente me resulta muy extraño que aún siguiendo los comandos este vuelva a presentarse, incluso después de instalar Sierra, imagino que realizaste lo que te mencione de bajar de nuevo el instalador desde la App Store. No suelo modificar la configuración del Dock, pero hice la misma prueba de habilitar la opción para ocultar el Dock automáticamente y no tuve ningún inconveniente. Puede que el bug provenga de alguna aplicación, pero no podría estar seguro de ello. Me disculpo por la pregunta jeremíasf, pero me gustaría confirmar que los comandos que introdujiste solo hayan sido los de la primera cita que puse, ya que los dos comandos en la segunda cita son para devolver los valores a aquellos por default y estos no los necesitabas introducir.
Aunque tengo mis dudas de que los siguientes pasos funcionen debido a lo que has mencionado, puedes probar con mover a tu escritorio los archivos com.apple.dock.plist y desktoppicture.db. Estos archivos los encuentras en las siguientes rutas, puedes seleccionarlas y hacer click derecho sobre una y seleccionar Servicios > Abrir
~/Library/Preferences/
~/Library/Application Support/Dock/
Una vez hayas movido los archivos a tu escritorio, esto para que puedas devolverlos a su sitio si no notas ningún cambio, abre nuevamente la aplicación Terminal e introduce el siguiente comando:
killall Dock
Después de eso, cierra sesión y vuelve iniciarla, incluso puedes probar con iniciar tu Mac en modo seguro para revisar el comportamiento del Dock (Usar el modo seguro para identificar problemas con la Mac - Soporte técnico de Apple).
Si deseas reportar este u otros bug tienes varias opciones. Lo puedes hacer al comunicarte con el Soporte técnico oficial de Apple, utilizar el siguiente enlace (en inglés) https://www.apple.com/feedback/, si estas suscrito al Programa de software beta de Apple (https://beta.apple.com/sp/betaprogram/) o bien, si eres desarrollador, desde el Apple Bug Reporter (https://developer.apple.com/bug-reporting/).
Lamento no poder serte de mayor ayuda jeremíasf.
Saludos.
