Hola Lut,
Es posible que tu problema se deba a una falla en cuanto a los permisos, los cuales se encargan de establecer que archivos puede acceder o modificar un usuario o programa, incluyendo una actualización. Si estos no corresponden con los permisos esperados, puede provocar que aparezca este error. Recuerdo que Apple recomendaba que tras una actualización, realizáramos una reparación de los permisos. Para ello, puedes hacer uso de la aplicación Utilidad de Discos, la cual se encuentra en la carpeta Utilidades (en Aplicaciones > Utilidades o usando el atajo Command + U). Una vez abierto, selecciona el disco de arranque en la lista de la izquierda y elige la pestaña de Primeros auxilios. En la parte de abajo te aparecerá el botón para Reparar los permisos del disco. Fue a partir de OS X El Capitan que este proceso se hacia de manera automática, pero para Yosemite o versiones anteriores, Phanter en tu caso, este era un paso recomendado ha seguir tras una actualización del sistema.
Antes de realizar la reparación, te recomendaría realizar un respaldo de tu información importante, ya que también cabe la posibilidad de que el problema se deba a una descarga incompleta o corrupta de la actualización, para lo cual te recomendaría realizar la descarga de la actualización Mac OS X 10.3.9 (combinada) - Soporte técnico de Apple, desde el siguiente enlace: Mac OS X 10.3.9 - Actualización combinada
Saludos.