Hola SusanaRu,
Las preguntas que planteas son muy comunes a la hora de comprar un nuevo dispositivo de Apple por primera vez, voy a intentar resolverlas lo mejor que pueda!!
Antes de nada, tener la misma ID de Apple en todos tus dispositivos es lo recomendable, con el fin de poder cambiar las configuraciones en un futuro de manera más simple y tener registrados todos tus productos en Apple a tu nombre.
Con respecto a tu pregunta, puedes elegir que cosas sincronizar y que cosas mantener por separado totalmente a tu antojo. En ajustes, apartado iCloud, podrás seleccionar que aplicaciones o datos se sincronizarán con el resto de tus dispositivos. En mi caso lo tengo todo activado pero tú puedes poner calendario y notas, y desactivar Fotos en iCloud.
Con respecto a las aplicaciones, en Ajustes, apartado App Store, puedes activar las descargas automáticas de apps cuando las descargues en otro dispositivo. Si está desactivado, cuando descargues o compres una app en el iPhone o iPad, no se descargará automáticamente en el otro dispositivo, pero podrás hacerlo tú más adelante gratis si quieres. No confundas esto con desactivar "actualizaciones automáticas" que es una función muy útil para las apps que ya tienes se actualicen solas a la última versión sin que tu tengas que hacer nada!!
Si borras una app en un dispositivo, no se borra automáticamente del otro, y no hay forma de hacer que este proceso sea automático.
Espero haberte ayudado, cualquier cosa mas no dudes en escribir!!
Un saludo!!
