Automator se basa en módulos que permiten hacer tareas basado en acciones que tiene el sistema y las aplicaciones instaladas, no creo que haya ninguno que extraiga el texto de un PDF, no creo que haya ninguna que envíe ese texto a algún servicio de traducción. Y seguro no hay ninguna manera de poner luego ese texto en el PDF de vuelta (requiere la identificación de las posiciones).
AppleScript (más potente, pero tampoco mucho) tampoco lo permitirá.
La limitación tendrá que ver más en como se organizan los textos en PDF (cajitas individuales) que con los demás procesos.
PDF es un formato para distribución (ver e imprimir) y no para editar (se permite ciertas ediciones, pero en sí no está pensando para ello). Si te documentas en como es un PDF por dentro entenderás todas las limitaciones de edición que tiene este formato.
Las ediciones se deben hacer en el documento/aplicación que lo creó. Ya me imagino lo que quieres hacer (traducir alguna documentación o manuales) pero como digo ni es fácil ni sencillo, ni siquiera si lo haces manualmente.