Ok.
El álbum WhatsApp lo crea el sistema para ir metiendo ahí las fotos que descargas al iPhone y que sean de WhatsApp.
Además, las fotos están en el álbum Todas las fotos. Pero en Todas las fotos es donde están los originales. Las fotos del álbum WhatsApp son accesos a las fotos originales, así que no están duplicadas.
Pero comentas que te aparecen dos veces en el álbum Todas las fotos, además de aparecer una vez en el álbum WhatsApp.
Eso es extraño y no debería ser así, a nos ser que pulses dos veces en descargar foto desde WhatsApp. Si no es el caso, es posible que se deba a algún inconveniente de software que no permita la correcta comunicación entre la app Fotos y WhatsApp.
Ante todo te recomiendo que mantengas actualizado tu dispositivo. Actualmente, la última versión pública disponible es iOS 11.0.3. En esta web de Apple tienes las formas de actualizarlo: Actualizar el software iOS en tu iPhone, iPad o iPod touch
Si ya lo tienes actualizado, prueba primero con soluciones sencillas antes de llegar a opciones más complejas.
Tras cada paso, comprueba si el fallo se ha solucionado o persiste.
Prueba de apagarlo y volverlo a encender pasados un par de minutos.
Asegúrate de recordar el código de desbloqueo del dispositivo y el código PIM de tu tarjeta SIM, si el dispositivo es celular. El dispositivo te los pedirá cuando se reinicie.
Si sigue fallando, hazle un reinicio forzado: pulsa y suelta rápidamente el botón de aumento de volumen. A continuación, pulsa y suelta rápidamente el botón de disminución de volumen. Finalmente, mantén pulsado el botón lateral hasta que aparezca el logotipo de Apple.
Si sigue fallando, reinstala la app WhatsApp.
Primera haz una copia de seguridad de WhatsApp, después haz una copia de seguridad del iPhone en iCloud, borra WhatsApp y vuélvelo a descargar del App Store. Al activarlo se restaurará la copia de seguridad de WhatsApp en iCloud.
Si sigue fallando, restáuralo con iTunes en un ordenador.
Usa un cable original que esté en buen estado para conectar el dispositivo a iTunes.
Verifica que tienes actualizado tanto el ordenador que uses como iTunes y, si usas un PC, cierra todos los programas y desactiva el antivirus mientras trabajes con el dispositivo conectado. No te olvides de volverlo a activar una vez que acabes de gestionar el dispositivo.
Primero haz una copia de seguridad, para tener tus datos guardados: Cómo hacer una copia de seguridad del iPhone, iPad ... - Apple Support
En esta web de Apple tienes los detalles de cómo restaurar un dispositivo iOS: Restaurar tu iPhone, iPad o iPod a los ajustes de fábrica - Soporte técnico de Apple
Después le puedes restaurar la copia de seguridad, siguiendo los pasos de esta otra web oficial: Restaurar el iPhone, iPad o iPod touch desde una copia de seguridad ...
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!