Difiero de lo que dicen, aunque no puedo probarlo ;-) Lo que yo creo:
Por un lado la copia del dispositivo que se hace en iCloud hace copia de seguridad de todo el dispositivo y de todas las aplicaciones que seleccionas para incluir en la copia (incluido Whatsapp) y de sus datos.
Pero además WhatsApp hace su propia copia de seguridad en iCloud.
El motivo? esto es lo que creo que hace por lo que a veces he hecho:
Si por lo que sea tienes tienes un teléfono vacío (por ser nuevo o lo hayas borrado) y reinstalas la copia de seguridad del dispositivo al terminar todo estará igual... incluido WhatsApp.
Pero por otra parte si tienes un teléfono vacío al que no quieres restaurar una copia de seguridad si no partir de cero en todo... al instalar Whatsapp y ponerlo en marcha... detectará en iCloud su propia copia de seguridad y te dará opción a restaurarla.
El motivo de que no se vea es que iCloud creo permite eso a los desarrolladores: guardar algo en él y no mostrarlo al usuario (y se muestra en el famoso "otros").
Pero como digo es lo que creo, tampoco es que haya mucha información de Whatsapp... nosotros contamos todo a Facebook, pero ellos no cuenta nada.
p.d. se podría hacer la prueba desactivando una y otra copia de seguridad e ir restaurando en un caso y otro... pero el que tenga tiempo para invertir en ello que lo haga ;-)