Hola gavli
¿Usas el mismo ID de Apple en los dos dispositivos?
Porque si tienes activada la sincronización de los contactos con iCloud en Ajustes-Tu nombre-iCloud-Apps que usan iCloud en los dos iPhone, se sincronizan los que tienes, los nuevos que añadas y también los cambios.
Si no quieres que eso pase, tendrás que desactivar la sincronización en uno de los dos.
Si haces copia de seguridad en iCloud, en el dispositivo en el que hayas desactivado la sincronización de los contactos, todos ellos se guardarán en la copia.
Comprueba también si están sincronizados con otra cuenta
Obtener ayuda mediante Contactos, Calendarios y Recordatorios de iCloud - Soporte técnico de Apple
Un saludo