Hola, he resuelto el problema, les platico la historia:
Tuve una macbook pro 13" 2018 y tuve este problema usando la VPN IPSec integrada en MacOS, se desconectaba a los 53min aproximadamente, revisando con el administrador de la VPN en la empresa las cuentas estas configurada para desconectarse en 5hrs. Hace un mes vendí la macbook de 13" a un amigo de mi trabajo y tambien presentaba el mismo problema, yo con mi macbook de 16" también el mismo problema.
La solución es que cuando te conectas a la VPN se genera un archivo/proceso llamado racoon, el cual tiene por default configuración a 3600 segundos, entonces crear un nuevo archivo con el nombre de tu vpn server o ip y el archivo racoon lo modificas para que mande a llamar al nuevo archivo.