Bonjour !
Time Machine est conçu pour sauvegarder automatiquement tous vos fichiers, applications, fichiers système, etc.
Cette page Sauvegarder les données du Mac avec Time Machine explique très bien en quoi consiste Time Machine et comment le configurer. Je précise ici que si Time Machine sauvegarde votre ordinateur au complet, il est ensuite très simple ne de récupérer qu'un document au besoin. Je vous encourage donc vivement d'utiliser Time Machine dans sa globalité. Si vous souhaitez exclure des documents ou dossiers spécifiques de vos sauvegardes Time Machine, cela est cependant possible.
Concernant le chiffrement, c'est une option qui vous permet de sécuriser vos sauvegardes avec un mot de passe, sans quoi n'importe qui a accès à votre disque dur pourrait ensuite accéder aux données qu'il contient. Le chiffrement est une opération longue mais cela sécurise vos sauvegardes.
Enfin, si votre souhait reste de ne sauvegarder qu'un seul dossier ou deux, il existe d'autres options que cet article d'Apple vous recommande : Autres méthodes de sauvegarde et de restauration de fichiers.
Belle journée ! :-)