Oups ! Je n'utilise pas la synchronisation avec le Finder et donc je vais éviter de te dire des bêtises...
Il y a un article sur le Support Apple qui traite de cela : https://support.apple.com/fr-fr/HT201313
D'après ce que je comprends, lorsque tu actives Photos iCloud sur l'iPhone, les photos que tu as synchronisées avec ton Mac sont effacées et remplacées par celles se trouvant sur iCloud. Logique vu qu'on ne peut pas synchroniser avec deux sources. Donc, si toutes tes photos sont sur iCloud (à vérifier en consultant iCloud.com/Photos et en vérifiant la place prises par ces photos dans le stockage iCloud), tu peux confirmer l'effacement et tu récupéreras (devrais récupérer...) ces photos une fois la synchronisation terminée. A l'avenir, il ne sera plus nécessaire de synchroniser manuellement avec le Finder vu que toutes les photos passent par iCloud.
Je ne peux que te conseiller de faire une sauvegarde de toutes les photos que tu veux conserver sur un support externe avant toute manipulation.