J'ai du mal à comprendre comment la désactivation iCloud des dossiers Bureau et Documents du Mac a pu supprimer des dossiers sur iCloud. Lorsque je lance cette désactivation chez moi, voilà ce que j'ai dans le message d'alerte :

Même si tu confirmes cette opération, les éléments sont supprimés du Mac mais restent dans iCloud. A moins d'avoir supprimé les éléments des deux dossiers AVANT la désactivation soit sur le Mac concerné, soit sur iCloud, soit sur autre appareil lié au même identifiant, il n'y a pas de raison que ces élément disparaissent. Lorsque tu désactives la synchronisation et que tu choisis "garder une copie des documents sur ce Mac", tu retrouves tes documents à la racine du Mac dans un dossier appelé "iCloud Drive (Archive)". Que tu choisisses ou non de garder une copie des documents, dès que tu désynchronises, le système crée un nouveau dossier Bureau et un nouveau dossier Documents sur le Mac. Mais tout reste sur iCloud Drive...
Mais, soit, c'est du passé.
Il faut bien comprendre que l'activation (de la synchronisation) de Bureau et Documents sur le Mac a pour effet de transférer les dossiers concernés et leur contenu dans iCloud Drive et dans le Finder. Les documents se trouvent donc sur iCloud Drive ET sur le Mac. En cas de suppression de cette synchronisation, voir plus haut.
Lorsque tu connectes un 2e Mac au même identifiant et que tu actives aussi le synchronisation, les éléments du Mac vont se retrouver sur iCloud Drive dans un dossier avec le nom du Mac.

Tu trouveras plus d'explications ici : https://support.apple.com/fr-ca/HT206985 ainsi que là : https://support.apple.com/fr-fr/HT203052
Pour ton problème de fichiers "en attente de téléchargement", je t'ai expliqué dans un message précédent que j'ai aussi ce problème si je supprime, dans le Finder, un fichier qui n'a pas encore été téléchargé. Dans ce cas, le nuage avec une flèche vers le bas reste au niveau du dossier et il n'y a pas moyen de le supprimer. Même si j'efface le fichier en allant sur iCloud Drive, le nuage reste sur mon dossier, sur le Mac, alors que le dossier est vide sur iCloud Drive. Probablement un bug.
Quant à ton Mac mini, il est difficile de te répondre à distance. Je dirais que, si tu as fait une sauvegarde TimeMachine et que tes fichiers importants sont sauvegardés à part, tu ne risques rien à réinitialiser ton Mac mini et à tout réinstaller.
(à suivre... ?)