Coucou MelanieSTJ,
Désolée de lire que le souci se soit reproduit après quelques heures.
Ça reste super bizarre sur tes fichiers disparaissent tous seuls, comme ça. Je ne vois pas vraiment de raison à un tel comportement.
En regardant sur mon iPad, je ne vois pas vraiment d'option qui permette de masquer, par exemple, une certaine catégorie de fichiers.
La seule référence aux PDF que j'ai se trouve dans "Bibliothèque > Collection" et elle ne permet pas de cacher/faire disparaître des fichiers.

Il est évident que tu ne peux pas refaire ce genre de manips tout le temps, je te suggère plutôt de contacter directement l'assistance Apple.
Les conseiller.es auront peut-être d'autres manips à te faire faire ou des vérifications sur ton compte iCloud.
Tiens-nous au courant ! Bonne journée !