Le petit nuage en question ne signifie pas que l'app est en attente d'une mise à jour, ça t'indiques simplement que l'app en question a été déchargée du système pour occuper moins d'espace de stockage. L'app n'est pas supprimée à proprement dit, une touche sur cette dernière et elle se réinstalle en restaurant les données associées.
Note également que cela ne supprime aucune données propres à l'application. Ce nuage s'affiche au bout d'un certain temps d'inutilisation de ces mêmes applis. Tu peux configurer ce comportement dans Réglages > Général > App Store > Décharger les apps inutilisées (coche ou décoche selon tes besoins).
Tu peux également retrouver cette fonctionnalité "Décharger" dans la liste des apps de ton appareil, rends-toi dans Réglages > Général > Stockage iPhone, dans la liste qui s'affiche touche une app au choix, tu verras 2 options : Décharger l'app (description ci-dessus) et Supprimer l'app (supprime l'app et ses données associées).
Le seul et unique endroit où sont gérées les mises à jour d'application reste l'App Store et son menu dédié associé (en haut à droite sur l'icône de ton profil). Tu peux également activer l'option pour mettre à jour automatiquement les apps, Réglages > App Store > Mise à jour d'apps (active cette option, ou pas d'ailleurs, selon tes besoins).