Opa, boa tarde, estou aqui para te dar algumas dicas do que fazer nessa sua situação.
O WhatsApp é um app de terceiros, então ele tem sua forma de backup própria desenvolvida por sua empresa "meta" que é primeiro salvar o backup na memória do aparelho e depois colocar esse backup na memória do iCloud, armazenamento do iCloud não pode suprir a falta de armazenamento interno, para entender sobre armazenamento do iCloud e interno segue explicação detalhada no seguinte tópico iPhone de 64gb se eu comprar iCloud+… - Comunidade da Apple
Resumo da ópera, você só conseguirá enviar o backup do WhatsApp para o iCloud uma vez que tenha o espaço necessário pedido pelo app do WhatsApp na memória interna do iPhone.
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