Wie du selbst in der Überschrift mitgeteilt hast, ist der Akku deines Pencil durch Tiefstentladung im Wege der normalen Selbstentladung kaputt gegangen.
Bei Li-Ion-Akkus tritt durch Tiefentladung eine leider irreversible Schädigung ein, die zu Kapazitätsverlust führt.
Der Akku deines Pencil verliert die Ladung schlagartig, weil sich bereits eine (oder mehrere) Kurzschlußbrücken gebildet haben.
Rekonditionierungsladungen, wie sie z.B. bei Autobatterien bis zu einem gewissen Status der Batterie noch möglich sein können, scheiden beim hier verwendeten Akku-Typ leider aus.
Möglicherweise gewährt dir Apple trotzdem einen Preisnachlaß bei Neukauf eines Pencil.
Daher - wie von slampe vorgeschlagen - den Support kontaktieren, die Problematik schildern und fragen, ob du ihn dafür (komplett?) einschicken mußt.
Die magnetische Kappe kannst du bei ebay separat anbieten oder selbst als Ersatzteil behalten.
Es gibt immer wieder Leute, die diese Kappe verbaseln und nach Ersatz suchen.
Gleiches gilt für das Kopplungsstück zum Ladekabel.
Schlußendlich kannst du ebenfalls den gesamten Pencil als "Defekt" anbieten und sehen, was du dafür bekommst.
Fazit:
In jedem Fall läßt sich ein gar nicht einmal unwesentlicher Erlös erzielen, der in den Erwerb eines neuen Pencil indirekt einfließen kann.