Ich versuche mal Deine Fragen "Warum ist das alles so umständlich?" und "Kann mir bitte jemand erklären wie das Speichern bei iOS funktioniert" nahe zu bringen.
Zuerst einmal muss man wissen, dass iOS ein Datenablagekonzept verfolgt, welches man "App-Zentriert" und nicht "Dateisystem-Zentriert" benennen könnte. Dieses bedeutet, dass jeder App sozusagen ihr eigenes kleines Dateisystem hat und nicht auf die Dateien anderer Apps zugreifen kann. Dieses ist eine der primären Sicherheitsfunktionen von iOS die auch das "Jail" genannt wird und einen Großteil an möglichen Schadfunktionen von (Malware-)Apps unterbindet.
Damit es dem Anwender möglich wird, bestimmte Daten gemeinsam in verschiedenen Apps zu nutzen, hat Apple für verschiedene Informationen "Vermittler-Schnittstellen" in das iOS implementiert, über die Apps den Zugriff auf Daten anderer Apps vom Benutzer "erfragen" können. In älteren iOS Versionen waren erst einmal nur Zugriffe auf ausgewählte zentrale Datenbestände ausgewählter Apple Apps wie Kontakte, Kalender, Bilder oder Musik möglich. Beim ersten Zugriff einer App auf entsprechende Daten erfragt das iOS Betriebssystem den Benutzer um Erlaubnis den gewünschten Datenzugriff durchzuführen. Die genehmigten / abgewiesenen Zugriffe kann man übrigens unter "Einstellungen" / "Datenschutz" nach Datenkategorien aufgeführt finden. Für Dateien war es in iOS am Anfang nur möglich Kopien einer Datei über die sogenannte "Öffnen mit" Funktionalität an andere Apps zu übergeben.
Ergänzend wurde (ich glaube mit iOS 9) durch Apple die sogenannte "Document Provider" / "Document Picker" Funktionalität eingeführt. Hierdurch war es das erste Mal möglich, dass eine App als "Document Provider" ihre Dateien für andere Apps als "Document Picker" zugänglich macht und damit Dateien auch ohne Kopie angesehen und bearbeitet werden konnten. In iOS 11 wurde diese Funktion durch die "Dateien.App" noch einmal funktional und grafisch aufgewertet. Trotz dieser Funktionalität ist die "Dateien.App" jedoch kein klassischer Dateimanager wie ein Finder unter macOS oder der Windows Explorer unter Windows der einem den Zugriff auf die gesamten Dateibestände aller Apps ermöglicht, sondern nur eine spezielle App die ihren eigenen Speicherbereiche für andere Apps zugänglich macht (oder auch selber auf die Dateien andere Document Provider Apps zugreift).
Soweit zu der Erklärung der Hintergründe der Dateiablage auf einem iOS System ;-)
Wie arbeite man jedoch als Anwender nun am geschicktesten mit einem iOS Geräte wie dem iPad?
Als allererstes solltest Du allgemein versuchen Dich auf das "App-zentrierte" Datenablagemodell des iOS einzulassen. In vielen Fällen braucht es kein gemeinsames Dateisystem sondern mit der Auftrennung der Datenbestände in die jeweiligen Apps kann man prima arbeiten.
Für das von Dir beschriebene Szenario der Verwaltung Musik die Du als ZIP-Datei erhältst, wäre der von Apple vorgesehen Weg, dass Du diese in ein iTunes eines Macs oder PCs importierst und von dort über iTunes auf das iOS-Gerät synchronisierst. Hierdurch wären die Musik in Apples Musik.App verfügbar und könnten auch von anderen Apps mitbenutzt werden, wenn Du diesen Apps den Zugriff erlaubst.
Solltest Du den Bedarf haben das Ganze ohne einen Mac oder PC realisieren zu wollen, solltest Du Dir eine Player-App suchen die entweder direkt das Entpacken von Musik im ZIP-Format innerhalb ihres eigenen App-Speichers erlaubt oder aber eine Player-App die auf die "Document Provider"-Schnittstelle anderer Apps und somit der Dateien.App zugreifen kann. Ich kann Dir leider keine wirklichen App-Empfehlungen geben, jedoch scheint die VLC.App keine "Document Picker" Funktionalität eingebaut und kann daher nicht auf Deine Musik-Dateien in der Dateien.App zugreifen.
Du könntest Dir einmal die App "Documents" der Firma Readdle anschauen. Diese App stellt zwar eine eigene Dateiverwaltungs-App da, hat aber einen eigenen Medienabspieler integriert. Über diese App kannst Du daher meiner Kenntnis nach ZIP-Dateien von verschiedenen Cloud-Speichern oder über den Integrierten Webbrowser herunterladen, auspacken und dann innerhalb der App wiedergeben.
Puh, dass war jetzt ein echt langer Beitrag - ich hoffe dieser hilft Dir das Konzept von iOS hinsichtlich der Datenverwaltung besser zu verstehen und eine Lösung für Dein Anwendungsszenario zu finden.