Hey Debbieddarko,
ich habe das gleiche Problem: Mails, die im Account des Mail Providers problemlos Sichtbarkeit waren, verschwinden *manchmal*, wenn sie lokal abgelegt werden. Wir vom Threadstarter geschrieben ist der Header augenscheinlich noch da, aber der Mailinhalt ist weg. Wenn man eine solche leere Mail erneut kopiert, verschwindet sie vollständig.
Der Mac ist aktuell (Big Sur 11.6). Ich habe dann wie von Dir empfohlen einen Restart im abgesicherten Modus gemacht und später wieder normal gestartet. Ich habe die Mails per "Wiederherstellen" erneut geladen und auch alle Anhänge explizit noch einmal vom Server des Providers laden lassen.
Nach einem neuen Versuch sind die ersten Kopien einer Gruppe vom Mails mit Anhängen erfolgreich gewesen (ca 30 Mails). Nachdem ich diese Mails innerhalb des lokalen Archivs weiter kopieren wollte, sind 3 der 30 Mails plötzlich leer.
Interessanterweise scheinen die Mails nicht leer zu sein, denn wenn man die Maus auf dem weißen Hintergrund etwas bewegt, ändert sich der Zeiger in Cursor oder Hand und zeigt in letzterem Falle auch die URLs der daruterliegenden (jetzt unsichtbaren) Schaltflächen an. Auch der Scrollbar bewegt sich beim Scrollen.
Ein Weiterleiten einer solch leeren Mail zeigt jedoch nur Leere (ohne die Mauseffekte und ohne Scrollbar).
Für mich sieht das nach einem dicken Bug in Mail aus. Ist das bekannt? Gibt es Abhilfe oder einen Workaround?
Update: Sorry, im Catalina-Forum gelandet ... werde die Frage im BigSur noch mal stellen.