Die Umstellung auf die Zwei-Faktor-Authentifizierung erfolgt anscheinend automatisch beim Einloggen nach der Wartezeit.
So steht es jedenfalls in diesem Artikel von Apple:
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Als grundlegende Sicherheitsmaßnahme kann mit der Einrichtung der zweistufigen Bestätigung nicht fortgefahren werden, wenn vor Kurzem erhebliche Änderungen an den Accountdaten deiner Apple-ID vorgenommen wurden. Zu erheblichen Änderungen zählen das Zurücksetzen des Passworts oder das Einrichten neuer Sicherheitsfragen. Durch diese Wartefrist stellt Apple sicher, dass nur du auf deinen Account zugreifen bzw. diesen ändern kannst. Während dieser Wartefrist kannst du deinen Account wie gewohnt mit allen Apple-Diensten und -Stores verwenden.
Apple sendet an alle deine eingetragenen Adressen eine E-Mail, die dich über die Wartefrist informiert und dich auffordert, dich an den Apple Support zu wenden, wenn eine andere Person möglicherweise unbefugten Zugriff auf deinen Account erlangt hat. Auf der Seite deines Apple-ID-Accounts und in der E-Mail ist ein Datum angegeben, das du abwarten musst, bis du die zweistufige Bestätigung einrichten kannst.
Nach der Wartefrist hast du 30 Tage Zeit, um die Einrichtung der zweistufigen Bestätigung abzuschließen. Wenn du versuchst, die Einrichtung nach Ablauf dieser 30 Tage abzuschließen, oder wenn du während dieses Zeitraums erhebliche Änderungen an deinem Account vorgenommen hast, beginnt die Wartefrist möglicherweise neu.
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Wenn du die zweistufige Bestätigung verwendest, wird dein Account bei deiner nächsten Anmeldung bei iOS 11 oder neuer oder macOS High Sierra oder neuer automatisch auf die Zwei-Faktor-Authentifizierung aktualisiert. Du kannst deinen Account auch manuell von der zweistufigen Bestätigung auf die Zwei-Faktor-Authentifizierung umstellen, indem du die unten stehenden Anweisungen befolgst.
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aus: Zweistufige Bestätigung für die Apple-ID - Apple Support