Den Daten ist es egal, wo sie gespeichert werden. Das Format ist lediglich massgeblich dafür, wie auf die Daten zugegriffen werden kann.
Auf einer FP mit Gross-/Kleinschreibung werden eine „datei“ und eine „DATEI“ als verschieden behandelt. Auf einer ohne nicht. Wenn du jetzt „datei“ und „DATEI“ von einem Format auf das andere verschiebst, gibt es einen Konflikt.
Aber das Format ändern, ohne die Dateien zu zerstören, ist nicht möglich.
Normalerweise ist es - solange es nicht zu Namenskonflikten kommt (s.o.) - aber problemlos möglich Daten von einem Format auf ein anderes zu kopieren. Sonst wäre es ja nicht möglich zwischen verschiedenen Systemen Daten auszutauschen. Ich verstehe auch nicht ganz, was du mit „zusammenführen“ meinst.
Schau dir mal das hier an:https://support.apple.com/de-de/guide/disk-utility/dsku19ed921c/mac