Hallo,
ich habe auch das gleiche Problem. Habe E-Mails mit Markierung in einem Ordner/Postfach gehabt. Habe diesen Ordner/Postfach gelöscht und jetzt wird unter "Markiert" (Markierte E-Mails anzeigen) noch 17 markierte Mails vorhanden, es werden aber keine angezeigt.
Auf meinem MacBook habe ich den Mail-Index erfolgreich indiziert. Auf dem iPhone und dem iPad müsste ich das auch machen, aber ich weiß nicht wie.
Das Ausschalten und Einschalten der iCloud-Mails über Mail hat nichts gebracht.
Wenn jemand hier eine Antwort auf das selbe Problem hat = E-Mail neu indizieren auf iOS, dann bitte melden.
Viele Grüße