Der Unterschied liegt natürlich im Dateisystem.
exFAT wird u.a. auch bei HighEnd Kameras verwendet weil hier schnell viele Daten geschrieben werden müssen. Genaue Angaben wie schnell jetzt exFAT oder APFS in deinem Szenario ist habe ich keine parat, denke aber das sollte kein Problem sein, am Besten einfach mal testen. 😉
Beim Thema Sicherheit der Daten sieht es hier natürlich Wiederrum anders aus. exFAT ist anfällig wenn es z.B. zu einem abrupten Stromausfall kommt während Daten gelesen/geschrieben werden.
Hier muss man also abwägen. Ändert aber weiterhin nichts an deinem Grundproblem, dass du ohne Mac Computer die SSDs sowieso nicht APFS formatiert bekommst.
Wenn du mit deinen Sachen ordentlich umgehst und die SSDs nicht unachtsam einfach absteckst (sollte man ja sowieso vermeiden) dann meine ich, dass du mit exFAT erstmal nichts falsch machst.