Wenn Fotos mal das das "falsche" Foto behalten hat, kannst du das ja nachträglich korrigieren, da die gelöschten Fotos in "Zuletzt Gelöscht" gesammelt werden. Bevor ich Fotos zusammenführen lasse, sichere ich sie alle in einem Album, damit ich sie nach dem Zusammenführen wiederfinden kann. Sonst kann man schwer nachvollziehen, welches der Bilder behalten worden ist, weil die Bilder nach dem Zusammenführen aus "Duplikate" verschwinden.
Die Kriterien, nach denen die Fotos zusammengeführt werden, werden ja angezeigt, wenn man auf "Objekte zusammenführen" klickt:

Fotos behält die Version mit der besten Qualität (das scheint immer die Version mit der höchsten Auflösung zu sein). Wenn die Auflösung identisch ist, die Version mit den "relevanten" Metadaten, das ist nicht sehr klar, welche das sind, insbesondere, wenn die Metadaten in beiden Fotos widersprüchlich sind, beispielsweise unterschiedliche Aufnahmedaten oder Ortsangaben oder Schlagworte. Aber Fotos kann ja auch schlecht erraten, welche Metadata korrekt sind, wenn sie unterschiedlich oder widersprüchlich sind. Ich schaue mir immer die Fotos an, bevor ich sie zusammenlegen lasse und vereinige die Metadaten, falls nötig.
Insbesondere überprüfe ich, ob die Bilder wirklich identisch sind oder eins davon bearbeitet worden ist. In dem Fall möchte ich beide Versionen behalten.
Beispielsweise wird dieses Bildpaar von den Nasca Linien als Duplikat angezeigt, aber im rechten Bild sind die Linien von mir in Blau hervorgehoben worden, damit sie besser zu erkennen sind. Beide Bilder sollen bleiben:

Und manchmal ist nur der Dateiname identisch, aber die Bilder sind total verschieden. Dann darf man sie auf keinen Fall automatisch zusammenführen lassen. Beispielsweise:

Für solche Fälle könnte das Verfahren unbedingt noch nachgebessert werden.