Du hast bisher vermutlich Deine Fotos mittels der iPhone-Synchronisation auf dem Mac im Finder synchronisiert. Wenn Du nun iCloud-Fotos aktivierst, wird zunächst diese Synchronisation entfernt (und damit alle Fotos, die bisher synchronisiert wurden) und die iCloud-Fotos - Synchronisation wird gestartet.
Aktiviere iCloud-Fotos sowohl auf dem Mac, wie auch auf dem iPhone und alle Bilder werden in die iCloud geladen (wenn genügend Speicherplatz vorhanden ist). Im Anschluss werden alle Bilder auf alle Geräte verteilt. Je nach Menge kann dies eine Weile dauern.