Hey,
leider kann ich zwar keinem eine Lösung anbieten, jedoch hilft meine Antwort etwas.
Seit mittlerweile mehr als drei Monaten habe ich ein ähnliches Problem und stehe seit 01. Februar mit Apple in Kontakt (die Datei wird einfach weiß und die Anmerkungen sind weg: bei der Nutzung vom apple pencil und aber teilweise auch nur wenn ich in der Datei scrolle).
Es sei wohl ein Software Problem, wobei die IT Abteilung von Apple weiterhin noch nichts genaueres definieren kann, mehrere Fällle bekannt sind, jedoch das vollständige Problem nicht erfasst wurde und dementsprechend noch immer an einer Lösung gesucht wird.
Wie lange das dauern kann, ist noch überhaupt nicht klar...
Als Ausweichlösung wird das Benutzen von "Books" genannt - wobei das auch eher so semi-cool ist und teilweise das Problem der Dateien-App auch auf Books in komischer Weise schwappt.
Die Dateien kannst du laut meines Wissens nie wieder so herstellen, selbst nicht durch das Bearbeiten in der iCloud. Als Anmerkung und Vorsicht möchte ich noch erwähnen, dass es sein kann, dass die Dateien mit solchen Problem durch ein Update in der Zukunft auch gelöscht werden könnten (zumindest ist es bei mir so). Es lohnt sich dementsprechend alles auf einer Cloud zu speichern - wahrscheinlich sogar extern und nicht bei Apple.
(Selbst die auf der iCloud gespeicherten Dateien wurden bei mir gelöscht und konnten nur extern über den PC/Laptop wieder gefunden und hergestellt werden (bei gelöschten Dokumenten).)
Eventuell hilft es, wenn sich alle mit dem Problem bei Apple melden und so ein größerer Druck für eine Lösung entsteht. Ansonsten heißt es laut Apple Support undefiniertes Warten auf die It für eine Lösung des Problems seperat an den jeweiligen Kunden oder durch eine Behebung mit einem Update.
Viel Glück an alle und lasst euch von Apple nicht unterkriegen.
PS: Selbst das neuste Update, kein Backup, sowie auch die freie Speichergröße haben bei mir keinen Unterschied bzw. ein stress-freies Arbeiten ermöglicht.