Hola,
Mira en ajustes - iCloud si una vez pulsas en Fotos aparece "última actualización" o "actualizando".
Si es lo segundo, aún está subiendo fotos a la nube.
Si están en iCloud.com desde tu ordenador, entonces deberan aparecer también en en iPhone (depende de la velocidad del wifi, el volumen de archivos subiendo y el espacio que haya en iCloud).
Quizás todavía se están subiendo las fotos hasta que definitivamente aparezcan todas las que hay.
Un saludo.