Hola ADiego!!
Echa un vistazo a esta web de Apple: Enlazar o desenlazar el mando Apple Remote (blanco o aluminio) de tu Apple TV - Soporte técnico de Apple. Hay instrucciones para enlazar un mando al Apple TV. Mira la sección:
pulsar y mantener pulsado los botones de menú y derecha durante cinco segundos.
En tu Apple TV, tras enlazar correctamente tus dispositivos, aparecerá un encima del icono de un mando.
Una vez que enlaces en nuevo mando, puedes ir a Ajustes> General > Mandos a distancia y borrar el anterior mando.
De todas formas, si quieres restaurar tu Apple TV, en esta web oficial: Restaurar el Apple TV utilizando iTunes - Soporte técnico de Apple, están las isntrucciones para hacerlo con iTunes en un ordenador.
Ya nos contarás que tal te ha ido.
Saludos!!