Hola mane_2807!!
El Watch te muestra lo que hay en el teléfono, por lo tanto, si borras la lista de últimas llamadas del iPhone, se borrará tambien del Watch. No se puede borrar desde el Watch. Hay que hacerlo desde el iphone.
Si no se te sincronizan los cambio, prueba de reiniciar el Watch, es decir, apágalo y vuélvelo a encender pasados un par de minutos.
Si siguen sin aparecer los cambios, es posible que se deba a algún tipo de problema de software que provoque que los dispositivos no se comuniquen correctamente. En ese caso, desenlaza el Watch del iPhone y vuélvelos a enlazar. No perderás datos en la operación, ya que el iPhone hace una copia de seguridad del Watch cuando se desenlazan, copia que le podrás restaurar al enlazarlos.
Para desenlazarlos: Desenlazar el Apple Watch y el iPhone - Soporte técnico de Apple
Para volverlos a enlazar: Configurar tu Apple Watch - Soporte técnico de Apple
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!