Yo estoy en las mismas pero ya estuve investigando y al parecer Apple está tratando de que usemos sus servicios de la nube.
Al conectar tu dispositivo ya no aparecen las pestañas de Apps ni Tonos. En lugar de Apps aparece una pestaña que dice "Compartir archivos", que solo permite sincronizar datos con aplicaciones determinadas.
Para la sincronización libros en formato .Epub debes subirlos a iCloud Drive. Accedes a iCloud.com, inicias sesión, accedes a la sección de iCloud Drive y subes tus epub.
Yo hice una prueba: Subí un epub nuevo, y se supone que aparecen en automático en la aplicación de iBooks del dispositivo. En caso de que no aparezca, prueba entrando a la app de iCloud Drive desde el dispositivo y tratando de abrir el epub que quieres a través de iBooks y Listo.
Sé que es más complicado pero es lo que el tío manzana quiere. Al menos es seguro que tendrás una copia de esos epubs cada que lo necesites. Espero que te sirva.