Hola Natmiocito!!
Efectivamente, en iCloud se sincroniza toda la Fototeca. No se puede seleccionar qué fotos sí sincronizar y que fotos no.
Quizás te interese dejar en la Fototeca del iPhone esas fotos que dices que son favoritas para ti y el resto guardarlas en otra nube. Con la app de esa otra nube podrás ver las fotos en el iPhone y las tendrás a buen recaudo guardadas en esa nube.
Ya nos contarás que tal te ha ido.
Saludos!!